Ссылка на практикум
Сутью задания является ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о связывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.
Перед началом работы укажем путь к zdock:
%%bash
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
Скопируем в рабочую директорию необходимые файлы:
%%bash
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/amylase.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/camelid.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/uniCHARMM
Добавим водороды к обоим pdb исполльзуя pdb2gmx (выбирая силовое поле 13: GROMOS96 53a6 и модель воды 1: SPC):
%%bash
pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
С помощью утилиты mark_sur (Mark the surface residues of a PDB file) проведём препроцессинг файлов pdb:
%%bash
mark_sur amylase_h.pdb amylase_m.pdb
mark_sur camelid_h.pdb camelid_m.pdb
Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER:
%%bash
sed -i '/MODEL 1/d' amylase_m.pdb
sed -i '/TER/d' amylase_m.pdb
sed -i '/MODEL 1/d' camelid_m.pdb
sed -i '/TER/d' camelid_m.pdb
Запустим процесс докинга:
%%bash
zdock -R amylase_m.pdb -L camelid_m.pdb
Проведём предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank:
%%bash
sed -i '-2.617994 0.419640 2.974122/d' zdock.out
sed '/camelid_m.pdb 27.065 -10.816 -16.094/a \
' zdock.out
%%bash
zrank zdock.out.cp 1 2000
%%bash
sort -n -k2 zdock.out.zr.out | head
Визуально сравним результаты с известной структурой 1kxt:
%%bash
wget http://files.rcsb.org/download/1KXT.pdb